امام رضا(ع) تا آغاز خلافت مأمون در زادگاه خود، شهر مقدس مدينه، اقامت داشت، ولى مأمون پس از رسيدن به حكومت، حضرت را به خراسان دعوت كرد و سرانجام حضرت در ماه صفر سال 203 هجرى قمرى (در سن 55 سالگى) به شهادت رسيد.
در سال 400 هجرى قمرى به دستور سلطان محمود غزنوى بناى بقعه و حرم تجدید بنا و منارهاى بر آن افزوده شد و پس از آن در زمانهاى مختلف اقداماتى به مرور صورت گرفته است .